Деятельность школьных музеев осуществляется в рамках программы воспитания и дополнительного образования «Школьные музеи». Программа направлена на развитие интереса и углубление знаний по истории родного края и государства; развитие компетенций обучающихся по экспозиционной, собирательской и просветительской работе; сотрудничество с ветеранским движением.
В городе действуют 36 школьных музеев и комнат — музеев. Тематика направлений школьных музеев города достаточно разнообразна: историко – краеведческие, военно-исторические, литературные, краеведческие, боевой славы образовательных учреждений.
| ООУ | Название музея | руководитель |
| лицей № 1 | Музей «Истории школы № 1 имени А.С. Пушкина» | Пушкарева Ольга Владимировна, |
| СОШ № 2 | Комната – музей «Истории школы и клуба «Самовар» | Еговкина Лидия Николаевна |
| СОШ № 3 | Музей «Истории Мариинской школы № 3» | Кох Наталья Анатольевна |
| СОШ № 4 | Музей имени Героя Советского Союза Ивана Черных. | Чупина Наталья Александровна |
| лицей № 8 | Музей «Героям посвящается……» | Чернов Анатолий Константинович |
| СОШ № 11 | Комната — музей имени Героя Советского Союза В.И. Смирнова | Сибирякова Юлия Андреевна |
| СОШ № 12 | Комната – музей истории школы | Карташова Галина Ивановна |
| СОШ № 15 | Литературный музей Галины Евгеньевны Николаевой | Варда Мария Андреевна |
| СОШ №16 | Музейный кластер: комната – музей «Заозерье»; комната — музей эвакуированных предприятий Ленинского района г. Томска времен Великой Отечественной войны; комната — музей «Пожарное дело» | Абинова Нина Михайловна |
| гимназия № 18 | Музей Боевой славы Белоцерковского военно-пехотного училища | Нам Валентина Ивановна |
| СОШ № 19 | Музей «Истории спичфабрики «Сибирь» и микрорайона» | Агафонова Ирина Евгеньевна |
| СОШ № 23 | Музей истории строительства города Томска | Петрик Наталья Станиславовна |
| гимназия № 24 | Музей имени Героя Советского Союза Марии Васильевны Октябрьской | Покосова Юлия Олеговна |
| СОШ № 27 | Музей Боевой и Трудовой славы микрорайона Черемошники | Коженков Антон Владимирович |
| СОШ № 28 | Музей «Томичи в боях за Родину (воздушно-десантные войска)» | Суханова Валентина Васильевна |
| СОШ № 32 | Музей Боевой славы 19 Гвардейской стрелковой дивизии | Полтанова Людмила Евгеньевна, Полтанов Анатолий Григорьевич |
| СОШ № 34 | Музей Боевой славы 79 Гвардейской стрелковой дивизии | Гранина Наталья Ивановна |
| СОШ № 35 | Музей «Моя Степановка» | Городецкая Галина Александровна |
| СОШ № 37 | Музей «Фронтовые подруги» | Журавель Нина Михайловна |
| СОШ № 38 | Комната-музей истории школы и микрорайона | Казанцева Наталья Геннадьевна |
| СОШ № 40 | Комната – музей истории школы № 40 | Лисина Ольга Александровна |
| СОШ № 41 | Музей истории народного образования г. Томска и Томской области | Пшеничкина Валентина Григорьевна, |
| СОШ № 42 | Историко-краеведческий музей «Патриот» | Голик Наталья Петровна |
| СОШ № 51 | Музей Боевой славы 166 стрелковой дивизии» | Ерёмина Оксана Сергеевна |
| СОШ № 54 | комната — музей «Красный вымпел» | Петрова Алевтина Борисовна |
| гимназия № 55 | Виртуальный музей истории гимназии | Усанова Ольга Константиновна |
| гимназия № 56 | Историко – краеведчеcкий комната — музей «Каштак» (в процессе разработки) | Козловицкая Вера Дмитриевна |
| СОШ №58 | Литературный музей Н. Клюева; музей – мастерская декоративно – прикладного творчества; Комната – музей «История рядом» | Погребняк Галина Николаевна Сиволапова Татьяна Петровна Богомолова Елена Витальевна |
| СОШ № 64 | Музей боевой славы «Память» | Прокопович Татьяна Михайловна |
| СОШ № 66 | Комната – музей «Земля моих отцов» | Курбанбаева Фаина Андреевна |
| СОШ № 67 | Музейная комната «Уходил Сибиряк на войну» | Казанцев Антон Станиславович |
| школа – интернат № 22 | Комната — музей русского быта | Маслова Инна Викторовна евченко Наталия Владимировна |